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| 玻璃质壳类底栖有孔虫卷转虫属Ammonia spp.的DNA保存方式和提取效能比较研究 期刊论文
海洋与湖沼, 2016, 卷号: 47, 期号: 2, 页码: 346-353
作者: 吕曼 ; 类彦立; 李铁刚
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玻璃质壳 底栖有孔虫 分子生物学 Ammonia Dna 提取 保存 |
| 底栖有孔虫的不同壳质类型DNA提取技术比较及青岛湾潮间带分子多样性研究 学位论文
, 北京: 中国科学院大学, 2015
作者: 吕曼
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底栖有孔虫 Dna提取 Dna保存 Rdna 高通量测序 |
| 一种适用于文蛤家系鉴定的微卫星标记方法 专利
专利类型: 发明, 专利号: CN201210112325.X, 申请日期: 2012-10-10, 公开日期: 2012-10-10
发明人: 卢霞; 王鸿霞; 刘保忠
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一种适用于文蛤家系鉴定的微卫星标记方法 gc含量为40％?60％ 包括微卫星位点来源、引物设计、引物优化和微卫星标记家系鉴定体系 2)引物设计：在微卫星重复的侧翼序列利用软件primer?premier?5.0设计引物 退火温度为45?65℃ 其特征在于：1)微卫星位点的来源：提取文蛤的基因组dna利用提取的dna 引物设计条件为：引物长度为19?25mer 预期pcr产物长度为100?400bp 采用限制性内切酶法获得文蛤基因组dna片段 并构建微卫星磁珠富集文库 检测阳性克隆 3)引物优化：根据不同引物的tm值进行温度梯度优化 经测序得到含有微卫星重复的dna序列 在tm值上下各10℃ 4)微卫星标记家系鉴定体系的确立：微卫星位点的多态性水平可用信息含量值(Pic)衡量 温度梯度优化扩增得到的pcr产物用8％非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳?eb染色系统进行检测 根据上述优化获得的ta值 选取杂带较少、特异性产物亮度较高的pcr反应对应的温度为该引物的最佳退火温度ta 选取多个体作为群体进行计算微卫星位点的多态性水平可用信息含量值(Pic)进而衡量多态性信息 根据pic值 Pic小于0.25的标记 筛选得到重复性好、稳定性好 Pic值大于0.25的位点 作为文蛤微卫星标记家系鉴定体系 用于文蛤的家系区分与个体识别。 |
| 一种提取单个鱼卵仔鱼微量总DNA的简便快速方法 专利
专利类型: 发明, 专利号: CN201110027643.1, 申请日期: 2011-08-24, 公开日期: 2011-08-24
发明人: 尤锋; 吴志昊; 王伟; 徐冬冬; 张毅; 张培军; 徐永立
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1尾仔鱼/0.05?0.5ml无水乙醇 一种提取单个鱼卵仔鱼微量总dna的简便快速方法 其特征在于：1)样品固定：采集鱼卵或仔鱼 滤去水后立即加入无水乙醇 2)样品中固定液的去除：取步骤1)所得已固定的单个鱼卵或仔鱼样品 而后于?20℃或室温保存备用 加入生理盐水洗涤 3)样品消化：取上述洗涤过的单个鱼卵或仔鱼 鱼卵或仔鱼与无水乙醇比例为：1ml鱼卵/2?5ml无水乙醇 1000?2000g离心20?60秒去除多余生理盐水 加入100?300μl?dna提取缓冲液和10?30μl细胞裂解缓冲液 4)提取总dna：将步骤3)消化至澄清的溶液中加入100?300μl?5?6mol/l?nacl溶液 再用滤纸吸干样品 使细胞破壁 震荡20?30秒。15000g离心30分钟 重复2?3次 而后将细胞破壁的单个鱼卵或仔鱼加入10?100μg蛋白酶k和10?100μg?rna酶 吸取上清液使蛋白质去除 震荡混匀 然后在上清液中加入等体积异丙醇 于50?70℃温育 轻轻混匀 每10?20分钟颠倒混匀一次 ?20℃静置1?2小时 消化至溶液澄清 15000g离心15分钟 待用 沉淀即得到单个鱼卵仔鱼微量总dna。 |
| 一种海蜇基因组DNA的提取方法-1 专利
专利类型: 发明, 专利号: CN201010166122.X, 申请日期: 2011-03-23, 公开日期: 2011-03-23
发明人: 崔朝霞; 张姝; 栾维莎; 刘媛
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一种海蜇基因组dna提取方法 其特征在于：1)将海蜇有性世代的海蜇碟状体置入体积浓度为95％的酒精中脱水并保存 2)将保存的蝶状体样品放入离心管中并直接加入buffer300～400ul匀浆、30～40ul质量浓度为10％的sds、3～5ul浓度为20mg/ml的蛋白酶k 封口后55～56℃消化0.8～1.0小时 3)将步骤2)中消化后的溶液取出加入6m?nacl 待用 振荡浑匀20～30s 10000～12000rpm离心20?30分钟 吸上清 而后加入上清液的0.7～1倍体积的异丙醇 ?20～?18℃沉淀10～15分钟 沉淀后取出 以10000～12000rpm离心15?20分钟 弃去液体 并用体积浓度为70％的乙醇 离心洗1～2次 自然室温凉干 即得到海蜇碟状体的dna。 |
| 一种对虾肠道微生物DNA的提取方法 专利
专利类型: 发明, 专利号: CN200910263665.0, 申请日期: 2010-06-23, 公开日期: 2010-06-23
发明人: 刘淮德; 王雷; 刘梅; 王宝杰; 蒋克勇
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一种对虾肠道微生物dna的提取方法 其特征在于：1)将0.01-0.05g对虾肠道在液氮下研磨 2)将洗脱液在200g离心5-10min 并加入0.8-1.2ml?pbs、15-25μl?pvpp匀浆和200-300μl?0.5％tween-80 取上清菌液待用 沉淀中加0.8-1.2ml?pbs以200g离心取上清菌液 3)将步骤2)所得上清菌液以1200g离心5-10min 均匀后吹打洗脱3-5min 将两次离心所得上清菌液合并 收集上清菌液 合并上清液以300g离心5-10min 4)将步骤3)所得上清菌液中加100-150μlctab提取液和10-15μl溶菌酶 取上清菌液待用 放入37℃摇床 而后加15-20μl?20％(W/c)Sds和10-15μl蛋白酶k 振荡30-40min 60-70℃水浴1-2h 5)将水浴后菌液在4℃?3200g离心8-15min 取上清菌液 6)将水浴后菌液以3200g离心8-15min 而后加100-150μl?ctab液和20-25μl?20％sds混匀后 取上清菌液 7)将步骤6)所得上清菌液中加上清菌液体积0.6-0.8倍的异丙醇 涡旋 而后加入与上述上清菌液等体积的酚/氯仿混合液 而后于-20℃静置1-2h 8)将步骤7)所得沉淀中加入600-800μl?70％预冷乙醇 60-70℃水浴10-15min 14000g离心10-15min 再以4℃?14000g离心10-15min 14000g离心10-15min 取上清菌液待用 所得沉淀待用 所得沉淀即为对虾肠道微生物dna。 |
| 一种海蜇基因组DNA的提取方法 专利
专利类型: 发明, 专利号: CN200710015295.X, 申请日期: 2009-01-14, 公开日期: 2009-01-14
发明人: 崔朝霞; 张姝; 栾维莎; 刘媛
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1.一种海蛰基因组dna提取方法 其特征在于：1)将海蜇无性世代的海蛰螅状体用手术剪刀剪碎至无明显颗粒状组织 2)将步骤1)得到的原料内加入3～5ul浓度为20mg/ml的蛋白酶k 加入ctab Buffer300～400ul 在55～56℃消化24～26小时至溶液澄清 3)在步骤2)澄清溶液中加入与其等体积的苯酚、氯仿和异戊醇的混合溶液混匀 待用 待用 离心 而后向上清液中加入上清液的0.7～1倍体积的异丙醇 吸上清 -20～-18℃沉淀10～15分钟 其中苯酚、氯仿和异戊醇按体积份数比为25∶24∶1 再加入与上清液等体积的氯仿和异戊醇混合液混匀 沉淀后取出 氯仿和异戊醇按体积份数比为24∶1。 离心 离心 吸上清 弃去液体 并用体积浓度为70％的乙醇 离心洗1～2次 将多余液体倒去室温自然凉干 即得到海蛰螅状体的基因组dna |
| 栉孔扇贝G-型溶菌酶基因多态性标记筛选及其辅助育种方法 专利
专利类型: 发明, 专利号: CN200810015048.4, 申请日期: 2008-09-03, 公开日期: 2008-09-03
发明人: 宋林生; 李凌; 赵建民
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2)抗病群体和敏感群体的制备 1、一种栉孔扇贝抗病相关g-型溶菌酶基因标记 3)抗病相关g-型溶菌酶基因标记的筛选 其特征在于它的技术内容包括以下四个方面：1)栉孔扇贝g-型溶菌酶基因启动区部分序列的克隆 4)携带抗病相关基因标记个体的快速筛查。1)栉孔扇贝g-型溶菌酶基因启动区部分序列的克隆：参照分子克隆所述方法从栉孔扇贝闭壳肌中提取总dna 根据已知的g-型溶菌酶基因序列在其启动子区设计引物 克隆得到一段762个碱基的dna序列 即从不同海区和养殖场收集栉孔扇贝个体 连入t载体后进行测序 用病原菌浸泡感染 Pcr扩增42个敏感个体和40个抗病个体的g-型溶菌酶启动区序列后 其中-754id和-754ii个体在抗病群体和敏感群体中出现的频率无显著差别 获得其核苷酸序列。2)抗病群体和敏感群体的制备：采用人工感染的方法获得抗病群体和敏感群体 根据死亡时间判断扇贝对病原菌感染抵抗能力 针对-754tatctcgatcagg插入/缺失(I/d)及-391a/g转换分别选用taq I和hap Ii对pcr产物进行酶切 而-391aa个体在敏感群体中出现的频率显著高于抗病群体 将扇贝分为抗病群体和敏感群体。3)抗病相关g-型溶菌酶基因标记的筛选：对来自5个个体的10个克隆进行了测序 聚丙烯酰胺凝胶电泳后 -391ag个体在抗病群体中出现的频率显著高于敏感群体。因此 发现了10处多态性位点 各发现两种基因型 将-391aa作为疾病敏感相关的g-型溶菌酶基因标记 -754ii 而将-391ag作为抗病相关的g-型溶菌酶基因标记。4)携带抗病相关基因标记个体的快速筛查：取栉孔扇贝个体全血1μl作为模版 -754id Pcr扩增g-型溶菌酶基因启动区序列 -391aa和-391ag 用hap Ii对产物进行酶切 聚丙烯酰胺凝胶电泳分型后 选择-391ag个体作为抗病个体。 |
| 一种制备海带孢子体大分子量DNA的方法 专利
专利类型: 发明, 专利号: CN200410011416.X, 申请日期: 2006-07-12, 公开日期: 2006-07-12
发明人: 段德麟; 王高歌; 胡自民
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1.一种制备海带孢子体大分子量dna的方法 其特征在于：可按如下步骤操作 2)将上述材料置于液氮中 1)取海带孢子体在清水中清洗后 迅速研成粉末 3)将藻粉转入sds提取缓冲液中 放入去多糖溶液中冲洗 63～65℃保温30min 4)加入kac溶液 以去除海带孢子体表面的多糖 混合均匀 5)离心 第二次去多糖 取上清 6)离心 加入氯仿：异戊醇抽提 水相用异丙醇于-18～-20℃沉淀 7)离心 乙醇洗沉淀 稍干后溶于te中 加入rnase 得产品。 |
| 龙须菜选育品系和野生型及相关种鉴定的方法 专利
专利类型: 发明, 专利号: CN200410021012.9, 申请日期: 2005-07-20, 公开日期: 2005-07-20
发明人: 段德麟; 李文红; 胡自民
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1.龙须菜选育品系和野生型及相关种鉴定的方法 其特征在于：龙须菜的rdnaits全序列的获取 提取缓冲液的组成为：100mmoll-1tris.hcl 步骤如下：(1)总dna提取：取新鲜健康的藻体材料 Ph8.0 (2)Pcr扩增：龙须菜its区扩增的特异引物p1、p2的序列分别为：p1：5’gggatccgtttccgtaggtgaacctgc3’ 用无菌水处理后 50-100mmoll-1edta 位于18s上 P2：5’gggatccatatgcttaagttcagcgggt3’ (3)Pcr产物纯化 在液氮种研磨成粉末 0.2-0.5mnacl 位于26s上 利用该引物对步骤(1)提取的dna为模板 提取总dna 5％β-巯基乙醇 对总dna进行pcr扩增反应 0.2％pvp-40 (4)Dna序列测定：纯化后的dna进行序列测定 1.0-2.5％sds 确立rdnaits区 (5)Dna序列数据分析：待分析的rdnaits区的序列一经测定 提取所用的kac浓度为4.0-5.0m 包括its1和5.8s区的全序列 用对位排列软件clustalw进行对位排列 建立用于鉴别龙须菜种内和种间差异的rapd和issr特异指纹图谱 Ph值范围在5.2-7.5 并辅以人工校对 步骤如下：1)总dna提取 2)Rapd和issr引物的合成 用系统进化分析各样品dna序列与数据库中各个序列间的差异 从大量随机引物中筛选出能稳定的扩增出特征条带的引物 3)根据扩增条带的多态性 构建龙须菜选育品系及野生型和相关种的rapd和issr特异指纹图谱。 |
