真核藻类特异性PCR体系及其应用

	真核藻类特异性PCR体系及其应用
	董声
学位类型	硕士
导师	俞志明 ; 宋秀贤
	2013-05
学位授予单位	中国科学院研究生院
学位专业	环境科学
关键词	真核藻类 18s Rdna 特异性pcr 长江口水域沉积物
摘要	本论文针对沉积物中异养生物生物量大而影响真核藻类多样性分析的问题，利用一系列生物信息学手段对核酸数据库进行分析，设计出一对特异性针对真核藻类的细胞核编码核糖体小亚基rDNA基因（small subunit nuclear ribosomal DNA，SSU nrDNA）的PCR引物并通过纯种与沉积物DNA验证了其针对真核藻类的高敏感性与高特异性。在此基础上，将该对引物应用与长江口及其水域沉积物真核藻类多样性研究，发现黄、东海表层沉积物中蕴藏着丰富真核藻类资源。通过构建真核藻类特异性PCR体系，为了解沉积物中真核藻类物种多样性提供了一种新的手段，避免了通用引物PCR扩增后大规模的文库建立与筛选过程，降低了成本，使得大规模采样分析成为可能，以期为研究沉积物中真核藻类群落长期演变研究提供方法学基础。研究的主要结果如下：构建了SSU nrDNA引物设计与评估数据库，利用Primrose生成备选特异性引物、TestProbe分析引物-模板错配位点，并结合前人关于引物模板错配对扩增效率的影响研究成果，设计得到一对真核藻类18S rDNA特异性引物968F- 1643R。从数据库层面上看，除与一些原生动物类群错配位点较少外，该对引物总体上是一对针对真核藻类敏感性与特异性均较高的引物。为了验证数据库研究结果的正确性，开展了利用纯种DNA与沉积物DNA的验证工作。纯种DNA来自7个主要真核藻类门的7种真核藻类，以及2种真菌、1种甲壳类动物、1种纤毛虫，被用于引物PCR扩增验证。优化实验条件后的电泳结果显示， 7种真核藻类纯种DNA都得到扩增，4种非真核藻类生物未被扩增；相反，通用引物PCR结果显示11种纯种DNA都得到了扩增，沉积物DNA通用引物克隆文库则未能检测到真核藻类。一系列结果初步证实了数据库研究结果的可靠性。利用引物968F- 1643R对长江口水域表层沉积物DNA进行了扩增并构建克隆文库。5个站位挑取250个克隆子测序，按相似度97%定种共发现70个可操作分类单元，其中硅藻17种，甲藻24种，其他藻类24种，非藻类真核生物5种。这一结果显示出黄、东海大陆架区表层沉积物不同于长江口河口区硅藻类群占优的情况，表明该区域较高的真核藻类多样性。
语种	中文
文献类型	学位论文
条目标识符	http://ir.qdio.ac.cn/handle/337002/17881
专题	海洋生态与环境科学重点实验室
推荐引用方式 GB/T 7714	董声. 真核藻类特异性PCR体系及其应用[D]. 中国科学院研究生院,2013.

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真核藻类特异性PCR体系及其应用-董声.（3888KB）			限制开放	CC BY-NC-SA	浏览