IOCAS-IR
西太平洋卡罗琳海山可培养细菌的多样性及2株海洋细菌新种的分类鉴定
王丹阳
学位类型硕士
导师张德超
2018-05-10
学位授予单位中国科学院大学
学位授予地点中国科学院海洋研究所
学位名称工程硕士
学位专业生物工程
关键词海山,可培养细菌,多样性,细菌新种,分类鉴定
摘要

      海山是深海大洋中的非常特殊的生态环境,因其特定的水文条件和地貌特征,会形成特殊的深海微生物群落。细菌是最古老的地球生物之一,研究深海区微生物不仅可以对最早生命形式的认识更加深入,还可以对海洋微生物资源进行更深层次的开发和利用。

       本论文以西太平洋卡罗琳海山生物样品和水体样品中的可培养细菌为研究对象,探索其多样性,并利用多相分类学方法确定了2株海洋新菌的分类地位。从西太平洋卡罗琳海山生物样品和水体样品中共分离得到1200多株海洋细菌,经查重并菌后选取其中248株具有代表性的菌株进行了16S rRNA基因序列分析和多样性研究。

       从生物样品中分离得到93株不同的细菌,分布于γ-变形菌纲(γ-Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、α-变形菌纲(α-Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes5个类群(分别占93株菌的53%21%10%10%6%),代表着6个纲,45个属γ-变形菌纲(γ-Proteobacteria)为优势菌群。交替单胞菌属(Alteromonas)、盐单胞菌属(Halomonas)、假单胞菌属(Pseudomonas)和假交替单胞菌属(Pseudoalteromonas在卡罗琳海山不同生物的表面广泛分布,可能是这片区域生物表面的优势属。另外,还发现菌株KL614为芽孢杆菌科(Bacillaceae)的潜在新属。

        从海水样品中分离得到155株不同的细菌,分布于α-变形菌纲(α-Proteobacteriaγ-变形菌纲(γ-Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria厚壁菌门Firmicutes)和拟杆菌门Bacteroidetes5个类群(分别占155株菌的45%27%16%7%5%),代表着5个纲,64个属。α-变形菌纲(α-Proteobacteria)是主要的优势菌群优势属为海杆状菌属(Marinobacter)、交替单胞菌属Alteromonas)、假交替单胞菌属(Pseudoalteromonas)、微杆菌属(Microbacterium)、玫瑰变色菌属(Roseovarius)和发光杆菌属(Photobacterium,它们在卡罗琳海山不同深度海水中都有分布。另外,潜在新种有6株,包括菌株KL412KL2260KL658KL2666KL208、和KL2576,它们分别属于假鲁支氏菌属(Pseudoruegeria)、弧菌属(Vibro)、维诺格拉德斯基氏菌属(WinogradskyellaPseudoroseicycluss属、Stakelama属和Glycocaulis属。菌株KL633为弧菌科(Vibrionaceae)的潜在新属。

         对分离自西太平洋海山区的到2株海洋细菌进行了分类鉴定。2株待测菌株的编号为YC973TYC1039T菌株YC973T革兰氏染色为阴性,橘黄色杆状菌,严格好氧,无鞭毛,有滑动运动性,中度嗜盐。单个细胞约长1.53.2 µm,宽0.30.5 µm4-41°CpH 6.0–9.0NaCl 0.5–6% (w/v)下生长。极性脂为磷脂酰乙醇胺(PE)。主要脂肪酸为iso-C15:024.31%),iso-C15:1 G18.7%),Summed feature39.67%)和未知脂肪酸(ECL13.565)(12.28%具有氧化酶和过氧化氢酶活性。可以水解七叶苷和明胶。DNA G+C含量为36.1 mol%16S rRNA序列比对结果显示,该菌株与与其同源性最高的模式菌株Maribacter orientalis KMM 3947T相似性为97.6%结合遗传学、表型特征和化学成分特征分析,鉴定菌株YC973T黄杆菌科(Flavobacteriaceae,海菌属(Maribacter)的一个新种,并命名为海洋海菌(Maribacter marinus)。

       菌株YC1039T革兰氏染色为阴性,黄色棒状菌,不具有鞭毛,没有芽孢,有滑动运动性。单个细胞长1.6–2.5 µm ,宽0.5–0.6 µm。能在4-41°CpH 6.0–9.0NaCl 0.5–5% (w/v)下生长。主要脂肪酸为iso-C15:1 G34.0%)和iso-C15:024.2%)。极性脂为磷脂酰乙醇胺(PE)。具有氧化酶和过氧化氢酶活性,不具有硝酸盐还原能力,可以水解七叶苷、明胶、淀粉、酪蛋白酶、DNA酶和吐温60/80DNA G+C含量为29.8 mol%16S rRNA序列比对结果显示,该菌株与与其同源性最高的模式菌株Mesoflavibacter sabulilitoris KCTC 42117T相似性为98.3%结合遗传学、表型特征和化学成分特征分析,鉴定菌株YC1039T为黄杆菌科(Flavobacteriaceae),中温黄杆菌属(Mesoflavibacter)的一个新种,并命名为深海中温黄杆菌(Mesoflavibacter profundi)。

关键词:海山,可培养细菌,多样性,细菌新种,分类鉴定

页数95
语种中文
文献类型学位论文
条目标识符http://ir.qdio.ac.cn/handle/337002/154476
专题中国科学院海洋研究所
第一作者单位中国科学院海洋研究所
推荐引用方式
GB/T 7714
王丹阳. 西太平洋卡罗琳海山可培养细菌的多样性及2株海洋细菌新种的分类鉴定[D]. 中国科学院海洋研究所. 中国科学院大学,2018.
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